代谢组学分类，空间代谢组学（LC_MS代谢组学什么特点）

代谢组学的学科归类

代谢组学是继基因组学和蛋白质组学之后的一门新兴学科，是系统生物学的重要组成部分。之后发展迅速，渗透到许多领域，如疾病诊断、医学研发、营养食品科学、毒理学、环境科学、植物学等与人类保健密切相关的领域。基因组学和蛋白质组学分别从基因和蛋白质水平探索生命活动，但实际上细胞内的许多生命活动都发生在代谢物水平，如细胞信号传导、能量传递和细胞间的通讯等，都是由代谢物调控的。代谢组学是研究代谢组学(metabolome)——，某一时刻细胞内所有代谢产物的集合。它与基因蛋白的表达密切相关，而代谢产物更多地反映了细胞所处的环境，这与细胞的营养状况、药物和环境污染物的影响以及其他外界因素密切相关。因此，有人认为“基因组学和蛋白质组学告诉你可能会发生什么，而代谢组学告诉你实际发生了什么。”(比尔拉斯利，加州大学戴维斯分校)代谢组学的概念来源于代谢组学，代谢组学是指特定生理时期某一生物或细胞的所有低分子量代谢产物，而代谢组学是一门同时定性和定量分析特定生理时期某一生物或细胞的所有低分子量代谢产物的新学科(Goodacre，2004)。它是以集群指数分析为基础，以高通量检测和数据处理为手段，以信息建模和系统集成为目标的系统生物学的一个分支。Roger Willia ms在20世纪40年代末引入了这样一个概念，即个体可能具有可以反映在其生物体液构成中的代谢特征，他使用纸色谱法提出尿液和唾液中的特征代谢模式与精神分裂症等疾病有关。然而，只是通过20世纪60年代和70年代的技术进步，定量(相对于定性)测量代谢谱才变得可行。Horning等人于1971年引入了代谢谱这一术语，此前他们证明了气相色谱-质谱(GC-MS)可用于测量人类尿液和组织提取物中存在的化合物。在20世纪70年代，Horning小组与Linus Pauling和Arthur B. Robinson一起领导了GC-MS方法的发展，以监测尿液中的代谢物。盖茨、斯威利；斯韦利，CC (1978)。基于气相色谱的定量代谢图谱。临床化学24(10):166373。PMID 359193。乔治，普雷蒂。代谢组学成熟了吗？《科学家》，19[11]:8，2005年6月6日。跳up^诺沃特尼等人；海伦娜索伊尼；Mechref，Yehia (2008年)。色谱、电泳和质谱图谱中反映的生物化学个体性。色谱B 866:2647。(2007年10月007日)格里菲思(2009)。质谱学：从蛋白质组学到代谢组学和脂质组学。化学社会评论38(7):188296。doi:10.1039/b618553n。PMID 19551169。

组学的定义及组学如何分类？

在分子生物学中，组学主要包括基因组学、蛋白质组学、代谢组学、转录组学、脂质组学、免疫学、糖组学和RNA组学(。组学(Omics)是组学的英文名称，其词根“-ome”的英文翻译是某种个体的系统集合。例如，基因组学是组成有机体的所有基因的组合。这个课题就是研究这些基因以及它们之间的关系。

做好代谢组学研究的关键在哪里？

首先，明确代谢组学的核心任务。小分子代谢物的定性定量分析和差异代谢物的发现：(1)生物系统内源代谢物的表征及其变化规律；(2)以差异代谢物为核心分析生命奥秘。基于色谱/质谱的分离分析技术具有灵敏度高、选择性好、动态范围宽、信息丰富等优点，已成为代谢组学研究的主流技术平台。其次，界定代谢组学的研究方法。对于非靶向代谢组学，色谱和高分辨率质谱的结合是必不可少的。对于靶向代谢组学，基于MRM模式的三重四极杆质谱被视为质谱定量的“金标准”。近年来，由于结合了非靶向和靶向分析技术的双重优势，准靶向技术在代谢物分析的覆盖范围上接近非靶向方法，并与靶向分析一样灵敏，迅速发展成为代谢组学的主流研究方法。靶向代谢组学主要包括三个步骤：(1)基于四极杆飞行时间质谱的非靶向分析；(2)母离子/产物离子对的选择和检测参数的优化；(3)使用三重四极杆或QTRAP质谱在MRM模式下分析样品(包括上述离子对)。有哪些重点？代谢组学的整个研究过程可以细分为20多个步骤。如果每一步的准确率都是70%，那么最终结果的准确率不到0.1%。因此，需要保证每一步(尤其是关键步骤)的规范和准确，从而保证研究结果的准确性和可靠性。影响代谢组学研究质量的关键环节包括：系统科学的研究方案；(2)样品采集、分组、储存、预处理和质量控制；(3)数据采集和质量控制；(4)数据处理和分析；(5)差异分子的筛选和鉴定；(6)分类模型的构建与验证；(7)数据库的自建、管理和使用。这些环节受制于诸多因素，需要参考研究论文、技术规范，注重过程控制，采用专业的技术和工具支持，才能获得高质量的研究成果。为什么是关键？围绕快速有效发现分子和标记物的目标，精确和高通量正成为发展的主导方向。代谢组学研究需要满足生物医药、食品等行业个性化分子智能识别的需求，因此需要分子智能识别和检测技术的支持，以及具有自主知识产权的核心算法，从而保证专业的组学、质谱数据处理和数据挖掘。综上所述，在组学研究过程中，只有做好分子特征检测、差异分子筛选、差异分子识别、分类模型构建、数据库自建等关键步骤，才能获得最佳的组学研究结果。

转录测序中的nr，nt，swissprot，cog，kegg，go分别是什么意思

NR文库属于非冗余蛋白质序列数据库，是NCBI官方的蛋白质序列数据库。数据来自GenPept，SwissProt，PIR，PDF，PDB和NCBI RefSeq，它是默认的蛋白质比较数据库。NT数据库是美国国家生物技术信息中心NCBI的官方核酸序列数据库。NT数据库是一个非冗余的核酸序列数据库，数据来自GenBank、EMBL和DDBJ，是NCBI默认的核酸blast比较数据库。SwissProt数据库是一个经过检查和人工注释的蛋白质数据库。我们将Unigene标注到SwissProt数据库，以获得更高质量的标注结果。Cog(集群正统组)是原核生物和单细胞真核生物的直向同源，KOG(集群真核正统组)数据库包含了真核生物直向同源家族蛋白的7个完整基因组。每个KOG的蛋白质组被认为来自一个祖先蛋白质，根据系统发育分类。一般COG指原核生物，KOG指真核生物。KOG和COG提供了相似的基因同源物分类信息。Kegg(京都基因和基因组百科全书)是一个综合数据库，处理基因组、生物途径、疾病、药物和化学品之间的关系。KEGG用于生物信息学研究，包括基因组、代谢组学和其他组学的数据分析。它涵盖了药物开发、细胞过程、环境信息处理、遗传信息处理、人类疾病、新陈代谢、生物系统等。GO(基因本体):基因本体。随着生物技术的快速发展，数据越来越多，不同数据库的命名标准也不统一。为了解决不同生物数据库可能使用不同术语的问题，基因人类学联合会开发了GO来描述基因在分子、细胞和组织水平上的功能体现。围棋的基本描述单位是围棋术语。GO主要包括生物过程、分子功能和细胞成分三个分支，用来描述基因产物的功能。Is_a、part_of和regulates用于GO。